19 апреля 1943 года Постановлением Совнаркома СССР Управление особых отделов и Морской отдел были изъяты из ведения НКВД. На их базе образовывались Главное управление контрразведки НКО «Смерш» («Смерть шпионам») и, несколько позднее, Управление контрразведки «Смерш» Наркомата ВМФ.
Решение о создании Главного управления контрразведки «Смерш» вытекало из сложившейся к тому времени обстановки на советско-германском фронте. В это время Московская битва сорвала план «молниеносной войны». Из рук противника под Сталинградом была вырвана стратегическая инициатива.
На органы «Смерша» в данной ситуации были возложены задачи по борьбе со шпионской, диверсионной, террористической деятельностью иностранных разведок, борьбе с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии, дезертирством и членовредительством на фронтах. В военной контрразведке состояло несколько тысяч человек.
За годы войны членами «Смерш» было обезврежено более 30 тысяч шпионов, около трех с половиной тысяч диверсантов и свыше шести тысяч террористов. Военная контрразведка достойно выполнила все возложенные на нее задачи.
В некоторых современных источниках утверждается, что, кроме очевидных успехов в борьбе против немецкой разведки, «Смерш» приобрел в годы войны зловещую славу благодаря системе репрессий против мирного населения, которое находилось в оккупации на временно захваченной немецкими войсками территории СССР или на принудительных работах в Германии.
Но репутация «Смерш» как репрессивного органа часто преувеличивается в современных источниках. Никакого отношения к преследованию мирного населения «Смерш» не имело. За работу с населением отвечали территориальные органы НКВД-НКГБ.
В мае 1946 года в результате реформы, проходившей в наркоматах госбезопасности и внутренних дел, органы контрразведки «Смерш» были реорганизованы в особые отделы и переданы в ведение новой структуры — Министерства государственной безопасности СССР.
