Джованни Альфонсо Борелли родился 28 января 1608 года в Кастель Нуово (предместье Неаполя), в семье испанского солдата. Учился в Риме, изучал медицину и математику у Кастелли (вместе с Торричелли). С 1635 года Борелли работал в университете Мессины. В 1649 году получил должность профессора математики.
Примерно в начале 1640-х годов познакомился с Галилеем. Борелли продолжил систематическое изучение открытых Галилеем спутников Юпитера. В своей книге «Теория Медичийских планет» он сделал исключительно важный на тот момент вывод, что для них, как и для планет, выполняются законы Кеплера. В этой же книге он сформулировал несовершенный, но принципиально верный вариант закона всемирного тяготения.
Борелли впервые рассмотрел возможность создания дыхательного аппарата для подводных исследований. Борелли считается основоположником биомеханики.
Джованни Альфонсо Борелли скончался 31 декабря 1679 года в Риме. Его главный труд по биомеханике — «О движении животных», был издан посмертно в 1680 году.
